Впервые о Дубне упоминается в 1134 году, как о городке, основанном Юрием Долгоруким, на границе новгородских и ростово-суздальских земель. В 1216 году Дубна подверглась сожжению новгородским войском и была окончательно уничтожена в 1238 году во время нашествия монгольского ига на Русь. На её месте в дальнейшем расположился пост Дубненское мыто, а после село Городище и дворянская усадьба.
Территория современной Дубны входила в состав Тверской губернии, затем в советское время до 1956 принадлежала к Калининской области, после — вошла в состав Московской. В новейшей истории был получен статус города (1956 год) в связи со строительством и работой Объединенного Института Ядерных Исследований (ОИЯИ).
В 1960 к территории Дубны присоединился город Иваньково, который до этого также входил в состав Калининской области.
В 2001 году указом Президента Российской Федерации № 1472 Дубна получила статус наукограда.
